Siempre han existido leyendas de Lilo y Stitch sobre cómo el final de la película habría sufrido cambios de último minuto por orden del estudio. Sin embargo, dichas afirmaciones resultan ciertas ya que mucho tuvo que ver que, meses antes del estreno del filme, ocurrieran los atentados del 11 de septiembre en Estados Unidos.

Desde aquel momento, muchas películas han abordado dicho suceso; la mayoría en un tono dramático-patriótico y con un enfoque adulto, pero nunca imaginamos que Lilo y Stitch también tuviera que ver indirectamente con esta trágica situación.

Imágenes mostradas en los extras del DVD de la película revelaron que la secuencia final de acción sufrió una gran modificación para mantenerse sensible con respecto al los atentados del 9/11.

En la escena, Stitch, Jumba, Pleakey y Nani secuestran un vuelo comercial que hacen volar en medio de la ciudad mientras persiguen la nave del Capitán Gantu quien tiene apresada a Lilo.

Aunque la escena y gran parte de la película ya estaban finalizadas para cuando ocurrieron los atentados en Nueva York, Disney ordenó modificar la escena a la que finalmente vemos en el corte final de la película: en lugar de un Boeing 747 volando por la ciudad, vemos otra nave extraterrestre.